Le réseau des sociétés franco-japonaises est principalement le résultat du travail promu par les directeurs successifs du Bureau français (aujourd'hui, Institut français de recherche sur le Japon à la Maison franco-japonaise). Il a commencé avec la Société franco-japonaise de Biologie, fondée en 1932, et compte aujourd'hui 27 sociétés savantes différentes. En plus de soutenir certaines des manifestations organisées par ces sociétés savantes par le biais de la co-organisation, de la collaboration ou du parrainage, la Fondation Maison franco-japonaise organise un « Conseil de liaison des sociétés franco-japonaises » en juillet et en décembre. Ce « Conseil » permet de rendre compte des activités de la Maison franco-japonaise et des sociétés savantes au cours de l'année précédente, d'annoncer les appels publics pour les subventions scientifiques de la Maison franco-japonaise pour l'année fiscale suivante, et de transmettre les éventuelles demandes des sociétés savantes à la Fondation ou à l'Institut français de recherche sur le Japon à la Maison franco-japonaise.
Liste des sociétés savantes franco-japonaises (année de création)
- Société franco-japonaise de Biologie(1932)
- Société franco-Japonaise des Sciences pures et appliquées(1933)
- Société franco-japonaise de Médecine(1934)
- Société franco-japonaise d’Agronomie(1949)
- Société franco-japonaise des Etudes Orientales(1955)
- Société franco-japonaise des Techniques Industrielles(1955)
- Société franco-japonaise de Sociologie(1959)
- Société franco-japonaise de Science juridique (1959)
- Société franco-japonaise d’Océanographie(1960)
- Société franco-japonaise de Musique (1960)
- Société franco-japonaise des Sciences historiques(1960)
- Société franco-japonaise des Sciences économiques(1960)
- Société franco-japonaise de Théâtre(1960)
- Société franco-japonaise de Langue et Littérature françaises(1962)
- Société franco-japonaise de sciences politiques(1964)
- Société franco-japonaise des Etudes grecques et romaines(1967)
- Société franco-japonaise des bibliothécaires et des documentalistes(1970)
- Société japonaise de Didactique du français(1970)
- Societe ｄ’Histoire des Relations Nippo-Francaises(1971)
- Société franco-japonaise de Pharmacie(1972)
- Société franco-japonaise de philosophie(1974)
- Société franco-japonaise de Géographie (1975)
- Société franco-japonaise d’Art et d’Archéologie(1980)
- Société franco-japonaise des Sciences de l’éducation(1982)
- Société franco-japonaise de Gestion(1983)
- Société franco-japonaise d’Etudes sur les Femmes(1983)
- Société franco-japonaise des Sciences vétérinaire (1989)